Timboektoe (Frans: Tombouctou) is een plaats in Mali en tevens de hoofdstad van de gelijknamige regio. De plaats ligt ongeveer 13 kilometer ten noorden van de rivier Niger en heeft circa 32.500 inwoners.
Timboektoe is vermoedelijk in de 12e eeuw gesticht door Toeareg als pleisterplaats voor de karavaanhandel die de landen aan de oever van de rivier de Niger verbond met de Maghreb. De belangrijkste handel was in zout, dat noordelijk van de stad in de Sahara werd gedolven in mijnen. Dit zout werd verhandeld in West-Afrika, waar zout schaars was, voor, onder andere, goud en slaven. De naam van de stad is Berbers en zou 'Zij met de grote navel' (Tin Boektoe) betekenen. De meeste Toeareg noemen de stad echter Tinboetkoe, in plaats van Timboektoe. De lokaal gesproken talen zijn Songhai, Tamasheq, Arabisch en tegenwoordig ook Frans. De regio rond Timboektoe is het zuidelijkste gebied in Afrika waar tarwe verbouwd wordt. Van dit tarwe wordt lokaal brood gebakken: tagulla genaamd, een beroemde lekkernij in de streek.
Timboektoe was een stad van Islamitische geleerdheid. Geleerden in domeinen als het Islamitisch recht (Fiqh) en Koran exegese (Tafsir) bestudeerden en becommentarieerden daar beroemde werken, als de Mukhtassar van Khalil bin Ahmed. Deze geleerden gaven lessen aan leerlingen en studenten op verschillende niveaus, die bij hen thuis kwamen studeren, dan wel in zogeheten madrassas bijeen kwamen. Deze geleerden waren veelal als Imam of Muedzin verbonden aan de grote Moskeeën van Timboektoe, met name de Sankore Moskee. Om die reden wordt de Sankore vaak een universiteit genoemd, hoewel dat niet helemaal correct is. Niettemin waren de Djingareyber Moskee, Sidi Yahya en Sankore Moskeeën centra van geleerdheid. De beroemdste geleerden die Timboektoe heeft voortgebracht zijn:
Geleerdheid was (en is) in Timboektoe een deels familiegebonden beroep. Daarnaast kunnen manuscripten en boeken het woord van God bevatten. Om die reden worden zelden of nooit boeken verbrand of weggedaan. Als gevolg daarvan, en als gevolg van het voor papier gunstige klimaat in de Sahara, zijn er in en rond Timboektoe vele manuscripten in omloop binnen lokale families. Sinds de jaren zeventig zijn er initiatieven om deze manuscripten te verzamelen en te conserveren. In de jaren zeventig werd op initiatief van Professor John Hunwick met behulp van het UNESCO het Centre Ahmad Baba opgericht, dat zich ten doel stelt zoveel mogelijk manuscripten te verzamelen en te restaureren, of in ieder geval op microfilm te zetten. Op het ogenblik beslaat de collectie van het Centre Ahmad Baba ruim 20.000 manuscripten. Daarnaast zijn er een aantal grote privé-verzamelingen met financiële steun van, onder andere, de Ford Foundation en de Noorse en Zuid-Afrikaanse overheid, beter geconserveerd en opengesteld voor het publiek. Hieronder bevinden zich het Fondo Kati, de recent teruggevonden bibliotheek van Mahmoed Kati, en de Mama Haidara Bibliotheek. De catalogi van deze bibliotheken zijn gepubliceerd door de al-Furqaan stichting uit London. Verder zijn er nog een aantal kleinere bibliotheken.
Sinds een aantal jaar probeert de stad het imago als centrum van geleerdheid verder uit te bouwen. In 2006 is de stad uitgeroepen tot 'Hoofdstad van de Islamitische Cultuur' door de Islamitische Organisatie voor Onderwijs, Wetenschap, en Cultuur. Dit werd gevierd met een serie debatten, congressen en andere evenementen. Timboektoe staat sinds 1988 op de UNESCO Werelderfgoedlijst.
Timboektoe was in het verleden een belangrijke handelsstad op de Sahara karavaanroutes tussen Zuid Marokko en de Sahel, waar goederen werden overgeladen van de kameel karavanen op de boten in Timboektoe's haven Kabara. Zout, gewonnen in de Sahara bij Awdaghust en tegenwoordig bij Taoudennit, werd verhandeld tegen goud afkomstig uit de Rijken van Ghana aan de Senegal rivier (niet te verwarren met de huidige Republiek Ghana) en later Mali, dat weer naar Marokko werd getransporteerd en verhandeld voor aldaar vervaardigde goederen. De combinatie van de rijkdom van de stad en zijn onbereikbaarheid voor Christelijke reizigers - de eerste Europeaan die de stad bereikte, de Schotse majoor Gordon Laing, werd op de terugweg uit de stad vermoord - gaven de stadsnaam in het Westen een mythologische klank. De naam is nog steeds symbolisch voor een verafgelegen en nauwelijks te bereiken plaats. Tegenwoordig vormt toerisme echter de belangrijkste inkomstenbron in de stad. Sinds een aantal jaar wordt in de maand januari het muzikale 'Festival au Désert' georganiseerd vlak buiten Timboektoe, dat bezocht wordt door honderden Westerse toeristen, die ook in de rest van het jaar hun opwachting maken in de stad. De Djinguereber-moskee dateert uit de 14e eeuw.