São Miguel das Missões is een gemeente in de Braziliaanse deelstaat Rio Grande do Sul. De gemeente telt 7.656 inwoners (schatting 2009).
De gemeente grenst aan Vitória das Missões, Entre-Ijuís, Eugênio de Castro, Jóia, Tupanciretã, Capão do Cipó, Bossoroca, São Luiz Gonzaga en Caibaté.