De basiliek San Clemente in Rome is een gebouwencomplex rond een twaalfde-eeuwse Rooms-Katholieke kerk gewijd aan Paus Clemens I. Het geheel kan worden gezien als een archeologische bron over Romeinse architectuur en de politieke en religieuze geschiedenis van het vroege christendom tot en met de Middeleeuwen.
De San Clemente is een van de oudste christelijke kerken van Rome, maar onder het straatniveau gaan resten van nog veel oudere gebouwen schuil. Ongeveer twintig meter diep zijn delen van huizen gevonden die uit de laatste eeuw van de Romeinse Republiek (± 500 – 27 v.Chr.) stammen en door de grote brand ten tijde van Keizer Nero moeten zijn verwoest. Bij de wederopbouw van Rome zijn deze huizen als fundering gebruikt voor de nieuwe huizen.
Zeven meter minder diep is een deel van een groot woonhuis gevonden. Er wordt aangenomen dat dit huis in de eerste eeuw, geruime tijd voor Constantijn de Grote in 313 n.Chr. de vrijheid van godsdienst invoerde, als schuilkerk dienst deed. Het huis was in het bezit van de Romeinse consul en martelaar Titus Flavius Clemens, die zich als een van de eerste hooggeplaatste Romeinen tot het toen nog verboden christendom bekeerde.
Op de binnenplaats van het aangrenzende huizenblok zijn de resten van een Mithras-heiligdom gevonden waar de Perzische zonnegod werd geëerd. Deze tempel werd gebruikt voor initiatierituelen en deed dienst van de tweede tot en met de derde eeuw na Christus. Daarna waren de meeste Romeinen tot het christendom bekeerd en raakte de tempel in onbruik.
In de vierde eeuw na Christus, toen het christendom inmiddels tot staatsgodsdienst van het Romeinse Rijk was uitgeroepen, is er bovenop de schuilkerk van Clemens en de tempel in het belendende pand een basiliek gebouwd. De nieuwe kerk werd gewijd aan de Heilige Clemens, de derde opvolger van Petrus als paus die een tijdgenoot van Titus Flavius Clemens was geweest.
In de daaropvolgende eeuwen trok de San Clemente vele kunstschilders en beeldhouwers aan. Tot op de dag van vandaag staat de basiliek bekend als een van de meest rijk versierde kerken in Rome.
De ontwikkeling van huis, tot schuilkerk en later tot een imposante basiliek staat symbool voor de opkomst van de Rooms-Katholieke Kerk en de geleidelijke toename van haar invloed en macht.
In 1084 werd de kerk door de Noormannen verwoest. Paus Paschalis II (pontificaat 1099-1118) liet een nieuwe kerk bouwen, die nu de ‘bovenkerk’ wordt genoemd. Van de oude kerk kon de kooromheining, die uit de zesde eeuw stamde, worden gered. Om de bovenkerk van voldoende fundament te voorzien werden de zuilenrijen van de oude kerk, nu de ‘onderkerk’ genoemd, vol gemetseld en de ruimtes grotendeels volgestort. Sinds 1862 zijn na uitvoerige opgravingswerkzaamheden de oorspronkelijke structuur en veel romaanse fresco’s weer zichtbaar. Aan de kerk is sinds 1667 een klooster van Ierse Dominicanen verbonden.
De Nederlandse kardinaal Adrianus Johannes Simonis, voormalig aartsbisschop van het Aartsbisdom Utrecht, is in 1985 door Paus Johannes Paulus II verheven tot titulair Kardinaal-priester van deze basiliek. Eerder waren de Nederlandse aartsbisschop Johannes de Jong en de Italiaanse kardinaal-staatssecretaris Amleto Giovanni Cicognani kardinaal-priester van de San Clemente.