El-Fajoem (Arabisch: لفيوم; al-Fayyūm, Koptisch: 'Ⲫⲓⲟⲙ) is een stad in Centraal-Egypte en de hoofdstad van het gouvernement Fajoem. De stad ligt op 24 meter hoogte in het gelijknamige Fajoembekken (Fajoemoase) op ongeveer 90 kilometer ten zuidwesten van de hoofdstad Caïro en beslaat een deel van het oude Crocodilopolis (Arsinoe). Er woonden 260.964 mensen bij de volkstelling van 1996.
Andere spelwijzen zijn onder andere Fayum, Fayoum, Al Fayyum en El Faiyūm. De vroegere naam was Medinet-el-Fajoem ("stad Fajoem").
In El-Fajoem bevinden zich verschillende grote bazaars, moskeeën, baden en een drukbezochte wekelijkse markt. De Bahr Joesoef (Jozefskanaal) stroomt door de stad, met aan beide zijden huizen. Er bevinden zich twee bruggen over dit kanaal; een met drie bogen die de hoofdstraat en de bazaar draagt en een met twee bogen, waarover de moskee van Qaitbay is gebouwd.
De stad ligt in het 1.827 km² grote oasebekken Fajoem, die door de Bahr Joesoef is verbonden met de Nijl. In het noorden bevindt zich een depressie van het geïsoleerde Qarunmeer (Birkat al-Qarun; een overblijfsel van het oude Moerismeer).
Het Fajoembekken (Koptisch: pa iom; "het meer") wordt ook wel de "groentetuin van Caïro" genoemd en was in de Pre-dynastieke periode een moerasachtig gebied. In het Middenrijk werden deze moeraslanden door koning Amenemhat II en Senoeseret II drooggelegd om de gebieden bruikbaar te kunnen maken voor de landbouw.
In het Fajoembekken bevond zich het door Herodotus en Strabo beschreven Labyrint, de dodentempel van farao Amenemhat III uit de 12e Dynastie. Deze bouwde eerder in Hawara (ten zuidoosten van El-Fajoem) zijn tweede piramide, die volgens Herodotus meer dan 3000 en volgens Strabo meer dan 1500 kamers zou hebben geteld. Herodotus schreef zelfs dat "de bovenste ruimten het werk van mensen overstegen".
Aan de oostzijde van het Fajoembekken ligt het huidige El-Lahun, in de buurt waarvan een necropolis uit het Middenrijk en de antieke stad Hetep-Sesostris met talrijke belangrijke vondsten werd ontdekt.
Bij opgravingen in begraafplaatsen in het Fajoembekken werden kleurige houten tableaus (Fajoem(mummie)portretten) uit de eerste eeuw gevonden, waarvan een deel zich nu onder andere in het Louvre bevindt.